roteiro de aminoacidos
Classificação dos aminoácidos quanto à cadeia lateral:
Aminoácidos com cadeias laterais hidrofóbicas - cadeias alifáticas
Existem quatro aminoácidos nesta classe. Suas cadeias laterais consistem de grupamentos não polares do tipo metil ou metileno. Estes aminoácidos são usualmente localizados no interior da proteína devido a sua natureza hidrofóbica. Como pode ser observado, todas estas cadeias laterais, exceto a da alanina, são bifurcadas. No caso da Val e da Ile abifurcação é próxima a cadeia principal e pode, portanto, restringir a conformação da cadeia peptídica por impedimento estérico. No diagrama abaixo os átomos vermelhos e azuis estão presentes, respectivamente, nos grupamentos amino e carboxílico ligados ao carbono alfa.
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Aminoácidos com cadeias laterais hidrofóbicas - cadeias aromáticas
Dos três aminoácidos pertencentes a esta classe, apenas a fenilalanina é inteiramente não polar. O grupamento fenólico da cadeia lateral da tirosina possui uma hidroxila substituinte e o triptofano possui um átomo de nitrogênio no anel indol. Estes resíduos são quase sempre encontrados mergulhados no interior hidrofóbico das proteínas, pelo fato de serem de natureza predominantemente não polar. Contudo, os átomos polares da tirosina e do triptofano permitem que pontes de hidrogênio sejam feitas com outros resíduos ou mesmo com moléculas de solvente.
Aminoácidos com cadeias laterais polares não carregadas
Existem alguns aminoácidos que possuem uma cadeia alifática pequena contendo grupos polares que não podem ser ionizar prontamente. Serina e treonina possuem grupamentos hidroxila em suas cadeias laterais e, como estes grupamentos polares estão próximos a cadeia principal eles podem formar ponte de hidrogênio com ela, influenciando na conformação