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As principais diferenças entre o antigo e o novo códigos estão relacionadas à área de terra em que será permitido o desmate, ao tipo de produtor que poderá fazer isso, ao reflorestamento dessa área e à punição para quem já desmatou.
Para os ambientalistas e especialistas em meio ambiente, as mudanças no Código abrem brechas para aumentar o desmatamento e, com isso, podem ameaçar o ciclo das chuvas, a proteção do solo e a biodiversidade. Também causam polêmica os pontos que dizem respeito ao possível perdão a quem praticou o desmatamento no passado. Um dos pontos mais polêmicos é o fato de o novo texto facilitar a ocupação ou regularização de propriedades que mantêm plantações e pastos nas chamadas Áreas de Preservação Permamente (APPs), como o topo de morros, encostas em declive e margens de rios e nascentes. Essas áreas são as mais vulneráveis por terem maior probabilidade de serem palco de deslizamento, erosão ou enchente e, portanto, precisam ser protegidas. A definição