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Em 2008 iniciaram-se as atividades de monitoramento da qualidade do ar, em virtude da ocorrência de episódios agudos de poluição do ar ocasionada pelas emissões das queimadas. Estas atividades são realizadas pela SEMA-MT em conjunto com a Secretaria de Estado de Saúde (SES-MT), que possui atribuições junto ao Programa VIGIAR do Ministério da Saúde.
O monitoramento de poluentes atmosféricos na cidade de Cuiabá-MT é realizado com o auxílio de um amostrador de PTS (material particulado total em suspensão), amostrador de gases da atmosfera (para NOx e SOx) e sonda de monóxido de carbono (CO). Também é realizado o monitoramento através da utilização de modelagem da dispersão de poluentes na atmosfera. O modelo utilizado atualmente é o CATT-BRAMS disponibilizado pelo INPE em seu site institucional. O modelo permite gerar informações com precisão similar à previsão do tempo e tem sido muito utilizado para gerar boletins diários de qualidade do ar (para os parâmetros material particulado 2,5 µm e monóxido de carbono) e para orientar as ações de prevenção de danos à saúde da SES-MT e do Comitê de Gestão do Fogo no estado. E m 2010 foi elaborado o primeiro relatório oriundo deste monitoramento: o Relatório de Monitoramento da Qualidade do Ar e dos Agravos à Saúde relacionados às Queimadas e Incêndios Florestais – 2008. Este relatório foi elaborado em conjunto com a SES-MT e correlaciona os dados oriundos do monitoramento da qualidade do ar com as doenças respiratórias e informações da gestão da saúde no estado. Também graças a estas experiências, o estado de Mato Grosso foi convidado a participar ativamente na elaboração do Plano Nacional de Ação para Qualidade do Ar, que foi lançado em dezembro de 2009 durante a Conferência Nacional de Saúde Ambiental, no capítulo a respeito das emissões oriundas de fontes agrossilvopastoris.