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Mas a divisa da Companhia — Ad Majorem Dei Gloriam (Para a Maior Glória de Deus) — mostra a intensidade de seu apostolado. Além do ensino em colégios (o curso secundário autônomo foi criado pelos jesuítas) e universidades, os religiosos consagravam-se a pregações, direção de retiros espirituais, pesquisas exegéticas e teológicas, missões, etc.
A Companhia de Jesus não era uma ordem religiosa como s outras. Seus combativos integrantes tinha uma organização quase militar: consideravam-se soldados da Igreja e achavam que deviam infiltrar-se em todas as atividades sociais e culturais, a fim de eliminar aqueles que pusessem em risco os princípios do catolicismo.
Em 27 de setembro de 1540, a Companhia de Jesus recebeu a aprovação oficial do Papa Paulo III, na bula Regimini Militantis ecclesiae. Seus membros deviam presar voto especial de obedência ao sumo pontífice e dependiam diretamente dele.
A Companhia estava dividida, em províncias que, agrupadas de acordo com critérios geográficos e linguísticos, formavam assistências. Os superiores de cada província governavam todas as casas; estas tinha seu próprio superior, que nos colégios denominava-se reitor. O supremo poder da companhia pertencia ao Superior-Geral eleito pela Congregação Geral, formada pelos delegados das diversas provincías.
Da formação dos jesuítas fazem parte estudos de religião, línguas, humanidades, leis e medicina. Além de sua intensa atividade na Inquisição e na luta contra o protestantismo — sobretudo na Itália e na Espanha —, a principal tareja dos religiosos foi evangelizar os indígenas das regiões recém-descobertas