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O que fez?
Por volta de 1665, Newton começou a interessar-se pela luz e pelo ramo da Ciência que se ocupa dela: a Óptica.
Em Woolstharpe, fez algumas experiências simples como incidir um estreito raio de luz num prisma. A luz desviava-se ou refractava-se à medida que entrava por um lado do vidro e saía pelo outro. O raio de luz que emergia e incidia na parede oposta era mais longo e dividia-se num espectro – as cores do arco-íris.
Aceitava-se a ideia que a luz branca era uma substância simples, ideia de Aristóteles. Poderia ser desviada através de prismas ou fazer ricochete em espelhos mas não ser decomposta em componentes mais simples. Já tinham sido observados arco-íris através de gotas de chuva, mas pensava-se que os prismas e as gotas eram responsáveis pelo aparecimento da cor. A partir das suas observações, Newton defendeu que a luz branca era mais uma mistura de vários tipos de raios de luz coloridos e daí surgiu a Teoria da luz como partícula.
Durante o período da Peste, Newton também trabalhou em diferentes temas da Matemática. A de maior reputação foi a nova técnica matemática à qual ele chamou “método de fluxões" (quantidades fluentes ou mutáveis). Hoje designamos esta parte da Matemática por "Cálculo". Pressupõe um trabalho com números que não são constantes, mas que se alteram. Alguns dos métodos matemáticos no cálculo já eram conhecidos na sua forma mais simples. Um era a diferenciação, o outro a integração – uma perspicácia que, de imediato, tornou lógicas muitas lacunas da Matemática. Decerto torna-se difícil, para novatos em Matemática perceberem este tipo de trabalho, mas Newton ajudou a abrir um novo leque de possibilidades para os cientistas. Poderia utilizar-se esse estudo para descrever os movimentos de objectos, desde balas de canhão até aos satélites. Esse trabalho foi ainda a causa de uma longa disputa entre Newton e o matemático alemão Gottfried Leibniz.