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Tinha inicialmente, direção de criação e artística de Augusto Cesar Vanucci e direção geral de Detto Costa. Já passaram pela direção de produção Marcelo Paranhos, Carlos Henrique de Cerqueira Leite, Aluísio Augusto e Jayme Praça. Atualmente, tem direção geral de Jayme Praça e gerência de produção de Roberto Ribeiro Costa.
O Domingão do Faustão estreou na Rede Globo no dia 26 de março de 1989 às 16 horas, domingo de Páscoa, comandado por Fausto Silva, recém-saído da Rede Bandeirantes. O programa foi criado para frear a audiência do Programa Silvio Santos (SBT), até então líder de audiência nas tardes de domingo, cumprindo o objetivo em pouco tempo.
Desde seu início, o programa contava com uma banda que toca ao vivo e um grupo de dançarinas, na Academia do Faustão. Há também entrevistas com atores da emissora e cantores, assim como atrações populares em vários quadros. Ao fim, ia ao ar as tradicionais vídeo-cassetadas.
Por questões contratuais, a geração do programa se dividia entre a Cidade do Rio de Janeiro e a Cidade de São Paulo, assim facilitando o recebimento de convidados ilustres que residiam em ambas as cidades.
Até 1993, o programa terminava às 19h e, a partir de então, passou a ter uma hora a mais de duração devido à extinção do Festival Os Trapalhões.
Em 1995, foi criado o quadro Melhores do Ano, que premiava os artistas que fizeram mais sucesso na teledramaturgia, jornalismo, comédia, música e esportes na Rede Globo. Até 2002, os vencedores eram escolhidos por funcionários da própria emissora, mas a partir de então os mesmos passam a escolher três finalistas. Além disso, os mesmos são submetidos à votação do público, que escolhe o vencedor de cada categoria.
Em 1997, a audiência do programa passa a ser ameaçada pelo Domingo Legal