Modelagem e bioensaios de peptídeos antimicrobianos a partir do transcriptoma de Lippia alba.

Introdução: Microorganismos patogênicos representam uma grande ameaça à integridade corpórea de espécies animais. Muitos destes microorganismos possuem alto poder infectivo, além da capacidade de desenvolverem resistência a antibióticos e outros agentes germicidas, o que os torna insensíveis a diversas drogas. Compostos e toxinas de origem natural vem sendo alvo de pesquisas farmacêuticas devido à sua alta capacidade antimicrobiana. Dentre esses compostos, destacam-se os peptídeos antimicrobianos (PAMs), pequenas moléculas protéicas cuja ação microbicida é capaz de atingir um amplo espectro de microorganismos. A Lippia alba, conhecida como erva-cidreira, é muito utilizada na medicina popular devido às suas propriedades antibióticas e analgésicas. Peptídeos antimicrobianos podem ser isolados das folhas e flores desta planta, porém sua ação ainda não se encontra totalmente estabelecida.Objetivo: O presente estudo visa investigar a ação de peptídeos microbianos provenientes de L. alba, através da utilização de tecnologia recombinante, além de analisar possíveis efeitos adversos em células animais. Metodologia: A partir do RNA total extraído de L. alba foram construídas bibliotecas de cDNA, as quais foram sequenciadas usando plataforma 454 GS FLX Titanium Roche. Após montagem dos contigs usando o software newbler foram selecionadas ORFs (Open Read Frame) com tamanhos entre 30 e 90 nucleotídeos. As ORFs selecionadas foram traduzidas in silico para sequências de aminoácidos usando script em perl. Os peptídeos resultantes foram submetidos ao banco de dados APD (Antimicrobial Peptides Databank) para verificação de características antimicrobianas. Após isto, foram modelados usando a técnica de modelagem comparativa. A seleção dos templates foi realizada usando o servidor LOMENTS, sendo que os templates com melhores scores foram selecionados e obtidos do site do PDB (Protein Data Bank). O alinhamento estrutural entre as sequências alvo e templates foram realizadas no