Evolução da classificação dos reinos
Em qualquer sistema de classificação os taxa hierarquicamente mais elevados incluem indivíduos de grande diversidade, sendo pouco naturais. Este problema levou a que a divisão em reinos tenha variado enormemente ao longo dos tempos.
Classificação em dois reinos (Aristóteles e Lineu, séc. IV - XVIII)
Tradicionalmente, os organismos vivos foram divididos em dois reinos claramente distintos: as plantas e os animais. Neste tipo de classificação, as plantas eram todos os organismos fixos e sem uma forma claramente definida, capazes de fabricar matéria orgânica a partir de fontes inorgânicas – autotrofia -, enquanto os animais eram todos os restantes organismos, devida livre, com forma definida e dependentes da matéria orgânica (plantas ou outros animais) para a sua nutrição – heterotrofia.
Há medida que mais dados iam sendo recolhidos, principalmente de estrutura microscópica e metabolismo, a sua maioria confirmava a total separação dos dois grandes reinos. Assim, as plantas apresentavam todas espessas paredes celulares celulósicas, enquanto as células animais apresentavam outros compostos no seu interior.
Esta divisão simples dos organismos parecia tão óbvia e bem definida para os organismos macroscópicos que o problema causado pelos fungos, que não pareciam encaixar bem nas plantas, era facilmente esquecido.
Classificação em três reinos (Haeckel, 1834)
Após a invenção do microscópio por Van Leeuwenhoek, a sua utilização na investigação revelou uma miríade de organismos microscópicos, não visíveis a olho nu. Rapidamente ficou claro que a distinção entre animais e plantas não podia ser facilmente aplicada a este nível. Alguns deste seres podiam ser facilmente comparados com algas macroscópicas e incluídos nas plantas, outros poderiam ser incluídos nos animais mas ainda restavam muitos com combinações estranhas de características de animal e de planta.
Para complicar ainda mais a situação, a teoria de Darwin da evolução