Eletroforese em Campo Pulsante (PFGE)

Eletroforese em Campo Pulsante foi descrita por Schwartz e Cantor. Hoje é um termo generico para a alternância de campo eletrico em mais de uma direção através de uma matriz sólida para conseguir a separação de fragmentos de DNA. O método requer a preparação de DNA não cortado, a digestão desse DNA usando uma endonuclease de restrição “rara”, separação de fragmentos por PFGE e a visualização e interpretação dos padrões de banda.
Gel de agarose convencional emprega um campo estatico e pode separar fragmentos de até 50 kb, embora na prática, fragmentos maiores que 20 kb co-migram sob as condições usualmente aplicadas.
Ao introduzir um pulso ou mudança na direção no campo elétrico, fragmentos tão grandes quanto 10Mb podem ser separadas. O tempo requirido pelos fragmentos de tamanhos diferentes para se reorientarem ao novo campo elétrico é proporcional ao seu peso molecular e esse é o fator que permite a separação e concentração dos fragmentos de DNA.

Fatores que afetam o PFGE
A resolução de PFGE depende de vários fatores como: composição e concentração de agarose, solução tamponante, tensão da corrente elétrica (voltagem), tempo de pulso e tempo de corrida eletroforética.
Aplicaçoes
- Organização genômica de protozoários
- Estudos epidemiológicos de Staphulococcus aureus
- Epidemiologia de Enterococus resistentes à vancomicina
- Rota de transmissão de bactérias gram-negativas como Burkholderia cepacia e Pseudomonas aeruginosa
- Cariotipagem da levedura Candida
- Estudos de surtos hospitalares de pequenas proporções
- Comparação de populações bacterianos, envolvendo microrganismos de diferentes países

http://en.wikipedia.org/wiki/Pulsed-field_gel_electrophoresis

http://link.springer.com/protocol/10.1385/0-89603-498-4:33 http://periodicos.ses.sp.bvs.br/pdf/rial/v64n2/v64n2a02.pdf http://wwwnc.cdc.gov/eid/article/19/9/13-0160_article http://www.bio.davidson.edu/genomics/method/pulse_field.html “Molecular Bacteriology: Protocols and