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Em 1655 é criada pelo Padre Antônio Vieira a missão Arroquis na Ilha Albi. Em 1757, os habitantes da Aldeia dos Abacaxis são transferidos para a outra margem do Rio Amazonas(margem esquerda), onde está atualmente a cidade de Itacoatiara. Na foz do rio Mataurá, afluente do Rio Madeira, Frei João Sampaio fundou, nos meados do século XVIII, o primeiro núcleo de povoamento na região do atual município. Todavia, os constantes ataques dos silvícolas e a procura de terras propícias à colonização motivaram a retirada dos habitantes para a ribeira do Canumã e mais tarde para o rio Abacaxis. Por esse último local passou, em 1755, o Capitão-general Francisco Xavier de Mendonça Furtado, Governador do Grão-Pará e Maranhão que, em carta dirigida ao Ministro de Ultramar (1758), descreveu a viagem e especificou as deliberações tomadas em sua visita às terras amazonenses. Existem controvérsias quanto à origem da povoação, pois há os que admitem ter o padre Antônio Vieira criado uma missão de Aroaquis, numa das ilhas próximas de Itacoatiara - a de Aibi, em 1655.[25] No ano de 1759 a aldeia de Itacoatiara é elevada a vila, com a denominação de Serpa, nome de origem portuguesa. Foi a terceira vila instalada no Amazonas, antecedida apenas por Borba e Barcelos. Era, então, das mais importantes aglomerações da região.[26] Suprimido o município em 1833, dois anos depois era assolado pela Cabanagem, sedição que veio a terminar em 1840.[25] A restauração verificou-se em 1857. Mais tarde, em 1874, a vila de Serpa recebeu foros de cidade passando a denominar-se Itacoatiara. Depois de Manaus e Tefé foi a primeira localidade amazonense a ter categoria de cidade.[27]
Itacoatiara, na língua Tupi-Guarani, significa pedra pintada; entretanto, segundo Antônio Cantanhede, em Outras Histórias do Amazonas, o topônimo tem a seguinte decomposição: Itá - pedra; Coati - o mamífero; Ára - o que nasce.[28] Etimologia
Mapa de 1562 da região do rio Amazonas. O