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Quando descoberto pelos portugueses em 1500, estima-se que o atual território do Brasil (a costa oriental da América do Sul), era habitado por dois milhões de indígenas, do norte ao sul.
A população ameríndia era repartida em grandes nações indígenas compostas por vários grupos étnicos entre os quais se destacam os grandes grupos tupi-guarani, macro-jê e aruaque. Os primeiros eram subdivididos em guaranis, tupiniquins e tupinambás, entre inúmeros outros. Os tupis se espalhavam do atual Rio Grande do Sul ao Rio Grande do Norte de hoje. Segundo Luís da Câmara Cascudo, os tupis foram "a primeira raça indígena que teve contato com o colonizador e (...) de correntemente a de maior presença, com influência no mameluco, no mestiço, no luso-brasileiro que nascia e no europeu que se fixava". A terra agora chamada Brasil (nome cuja origem é contestada) foi reivindicada por Portugal em abril de 1500, com a chegada da frota portuguesa comandada por Pedro Álvares Cabral. O português encontrou nativos da Idade da Pedra divididos em várias tribos, a maioria das quais compartilhavam a mesma família linguistica, o Tupi-Guarani, e lutaram entre si.
A colonização foi efetivamente iniciada em 1534, quando D. João III dividiu o território em doze capitanias hereditárias, mas esse arranjo era problemático e em 1549 o rei atribuiu um governador-geral para administrar toda a colônia. Os portugueses assimilaram algumas das tribos nativas, enquanto outras foram escravizadas ou exterminadas em longas guerras ou por doenças europeias para as quais não tinham imunidade. Em meados do século XVI, o açúcar tornou-se o mais importante produto de exportação do Brasil e africanos começaram a ser escravizados e trazidos pelos portugueses para lidar com a crescente demanda internacional do produto, iniciando o chamado ciclo da cana-de-açúcar.
Foram enviadas expedições militares para a Amazônia e conquistaram fortalezas inglesas e neerlandesas, fundando aldeias e fortalezas em 1669.