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Os dois principais alvos da infecção pelo HIV são o sistema imunológico e o SNC. É mais fácil entender o ciclo de vida do vírus em relação a sua interação com o sistema imunológico. Semelhante a maioria dos retrovírus, o virus do hiv-1 é esférico e contem núcleo cônico eletrondenso cercado por um envelope lipídico derivado da membrana da célula hospedeira. O núcleo do vírus contem p24, proteína principal do capsídeo, p7/p9 proteina do capsídeo nuclear, duas copias do RNA do genome e três enzimas virais que são: protease, transcriptase reversa e integrasse. A proteína p24 e o antígeno viral mais facilmente detectado. O núcleo viral e cercado por uma matriz proteica, chamada de p17,localizada abaixo do envelope do virius. O envelope viral e pontuado por duas glicoproteínas virais gp120 e gp41, fundamentais para que o vírus infecte as células. O genoma proviral HIV-1 contem os genes gav, pol e env, que codificam as diversas proteínas virais. Os produtos dos genes gag e pol são inicialmente traduzidos a proteína precursoras grandes que devem ser clivadas pela protease viral para produzir as proteínas maduras .
Alem desses três genes padrão o HIV ainda contem outros seis genes, que regulam a síntese e montagem das partículas virais. Um deles e o transativador (tat), que são decisivos para a replicação viral,aumentando mil vezes a transcrição dos genes virais, a proteína nef estimula a atividade de quinase intracelular( afetando a ativação da célula t, replicação e infectividade virais) e reduz a expressão de CD4 e moléculas MHC na superfice das células infectadas.
A doença causada pelo HIV tem inicio com a infecção aguda, que só é controlada parcialmente pelo sistema imunológico do hospedeiro e avança para a infecção crônica progressiva dos tecidos linfoides periféricos . Os primeiros tipos celulares a serem infectados são as células T CD4+ de memória( que expressam CCR5) nos tecidos linfoides das mucosas. Como os tecidos das mucosas representam o maior