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Além disso, havia a necessidade de dissocializar e despersonalizar o escravo, e isto não seria possível para o índio em sua própria terra. É verdade que os índios eram menos adaptáveis às condições de confinamento imposta pelos colonizadores, mas este fator não foi preponderante. Os jesuítas possuíam, no começo da ocupação portuguesa na África, o controle sobre aldeias nativas e recebiam escravos como tributo.
Existia uma forte complementariedade entre o tráfico negreiro e as leis régias e bulas papais editadas em favor da liberdade dos índios nos séculos XVI e XVII. Este preceito de liberdade natural jamais foi estendido aos africanos.
O papa Urbano VIII vetou definitivamente o cativeiro dos índios (1639), o que fez aumentar os lucros da coroa no comércio de africanos, em contrapartida a Igreja tornou-se a ponta de lança do império marítimo português, justificando do ponto de vista ético e moral a pratica da escravidão. Assim, associando-se aos Jesuítas, que buscavam restringir a exploração do trabalho indígena, a Coroa estimulou o uso de escravos africanos no Brasil e nas outras colônias. Mais de uma vez, o ponto de vista do papa coincidiu com os interesses do erário português. As medidas de proteção aos índios faziam o jogo dos mercadores do tráfico negreiro.