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1990
Em 1990, com a extinção da SNABS, as ações nacionais de vigilância epidemiológica e todo o seu acervo documental foram absorvidos pela recém-instituída Fundação Nacional de Saúde (Funasa) que incorporou a FSESP, a Sucam e, posteriormente, áreas técnicas remanescentes da SNABS e da também extinta Secretaria Nacional de Programas Especiais de Saúde (SNPES).
A proposta de criação do Centro Nacional de Epidemiologia (Cenepi), vinculado à Fundação Nacional de Saúde, surgiu em 1990. Desde a sua criação, o Cenepi buscou promover o uso da epidemiologia em todos os níveis do SUS e subsidiou a formulação e a implementação das políticas de saúde nacionais. O Cenepi desenvolveu trabalhos conjuntos, integrando universidades e serviços de saúde, para o estabelecimento e consolidação de sistemas de informação [Sistema Nacional de Mortalidade (SIM), Sistema Nacional de Nascidos Vivos (Sinasc), Sistema Nacional de Agravos de Notificação (Sinan), entre outros], constituição da Rede Nacional de Informação para a Saúde (RNIS) e da Rede Interagencial de Informações para a Saúde (Ripsa), capacitação de recursos humanos e apoio à pesquisa. Principalmente, o Cenepi acumulou importante experiência em vigilância epidemiológica de doenças e agravos inusitados à saúde.
Um dos pilares do Sistema Único de Saúde passa a ser a descentralização de funções, sob o comando único em cada esfera de governo – federal, estadual e municipal –, o que implica o direcionamento da atenção para as bases locais de operacionalização das atividades de vigilância epidemiológica.
Ao nível estadual compete a função de coordenar o Sistema de Vigilância Epidemiológica (SVE), investindo em atividades de normatização, supervisão, capacitação e avaliação ao sistema, enquanto o Município incorpora as ações de vigilância epidemiológica de acordo com o grau de complexidade e estrutura do seu sistema de gestão.
1991-1996
Os instrumentos legais que propiciarão a nova organização do sistema de saúde são as Normas