Ilha anchieta
Uma aproximação de Cunhambebe com os jesuítas missionários José de Anchieta e Manoel da Nóbrega resultou no importante Tratado da Paz de Iperoig de 14 de setembro de 1563. Com este tratado os conflitos diminuíram bastante e os portugueses ocuparam a colônia de uma forma bem mais tranqüila.
Além dos Portugueses, holandeses, franceses e outros europeus chegaram à Ilha Anchieta, além de escravos. Suas atividades principais eram a pesca e da agricultura de subsistência,plantando principalmente café, cana, feijão, milho, mandioca, e com isso o povoado da ilha se desenvolveu. Foi inaugurada uma pequena igreja, um cemitério, escola e um pequeno e variado comércio cresceu aos poucos.
No ano de 1885 a Ilha passou a se chamar Freguesia do Senhor Bom Jesus da Ilha dos Porcos – e por isso durante muito tempo foi chamada simplesmente de Ilha dos Porcos.
Em 1902 um golpe nos habitantes da então Ilha dos Porcos: o governo resolveu transformá-la em uma Colônia Penal, desalojando e desapropriando cerca de 412 famílias. A colônia chegou a ser desativada em 1914 com a transferência de presos para presídios de Taubaté. Porém, foi reativada em 1928 para nela serem colocados os presos políticos da ditadura de Getúlio Vargas. Ainda viviam na Ilha alguns dos habitantes originais, que passaram a dividir os espaços com novos moradores: os soldados e suas famílias.
No ano de 1934, numa séria de homenagens prestadas em função do 4º. centenário do nascimento do Padre José de Anchieta a Ilha dos Porcos mudou de nome, passando a homenagear ao grande Jesuíta A Ilha dos Porcos. É o nome