exemplo java
Arquitetura robusta e bem pensada por uma comunidade de pessoas e empresas, enquanto o PHP é a evolução de um script feito por uma pessoa que, na época, não entendia muito de linguagens e frameworks
Facilita o desenvolvimento em equipe, já que permite modularizar melhor os projetos em pacotes, jars, etc. Eu sei que o PHP tem o phar e você pode modularizar, mas é necessário criar implementações manuais para juntar todas essas pecinhas espalhadas e o desempenho disso não é bom.
Facilita encontrar erros mais cedo, já que as variáveis são fortemente tipadas e isso facilita que os compiladores e IDEs mostrem os erros antes da execução.
Independência de fornecedor: existem JVMs alternativas, diversas implementações de servidores de aplicação e inúmeros frameworks web e desktop
Permite a criação de apps desktop multiplataforma. Embora haja as dificuldades intrínsecas a isso, o java resolve essa questão melhor que a maioria das plataformas
A Orientação a Objetos do Java é mais consistente. No PHP ela começou bem capenga e foi evoluindo ao longo dos anos, tendo mudado bastante.
Desvantagens do Java
As vezes parece que você precisa ser um especialista em 10 APIs para você criar um "hello world" web.
Os desenvolvedores Java costumam matar moscas usando bombas nucleares, isto é, muitas vezes um problema que seria simples de resolver com um HTML estático acaba gerando um sistema que precisa de um servidor de aplicação JEE Full Profile e 1 GB de RAM.
Não tem um lugar bom, barato e rápido para colocar seu sistema. E cada hospedagem vai ter seu jeito diferente.
Embora hoje o conceito de CoC (Convertion over Configuration) esteja presente em diversas APIs do Java, você ainda vai se preocupar com inúmeros XMLs numa aplicação complexa.