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As partes mais elevadas do pantanal são conhecidas pelo nome indevido de cordilheiras e as partes mais deprimidas constituem as baías ou largos. Essas baías, durante as cheias, abrigam lagoas que se interligam através de canais conhecidos como corixos.
O Complexo do Pantanal, ou simplesmente Pantanal, é um bioma constituído principalmente por uma savana estépica, alagada em sua maior parte, com 250 mil km² de extensão, altitude média de 100 metros, situado no sul de Mato Grosso e no noroeste de Mato Grosso do Sul, além de também englobar o norte do Paraguai e leste da Bolívia (que é chamado de chaco boliviano), considerado pela Unesco Patrimônio Natural Mundial e Reserva da Biosfera. Em que pese o nome, há um reduzido número de áreas pantanosas na região pantaneira. Além disso, tem poucas montanhas, o que facilita o alagamento.
A Planície do Pantanal possui aproximadamente 230 mil km², medida estimada pelos estudiosos que explicam que dificilmente pode ser estabelecido um cálculo exato de suas dimensões, por em vários pontos ser muito difícil estabelecer onde começa e onde termina o Pantanal e as regiões que o circundam, além de que, a cada fechamento de ciclo de estações de seca e de águas, o Pantanal se modifica.