Wise 2

WISE2

Algoritmos inteligentes para busca em DNA

http://www.sanger.ac.uk/Software/Wise2/

Tradução
Processo pelo qual a informação genética ( que é estocada na seqüência de nucleotídeos numa molécula de mRNA) é traduzida em uma seqüência de aminoácidos
Intron
Exon-GU..............................................AG-Exon
DNA

Exon 1

Intron A

Exon 2

Intron B

Exon 3

transcrição 
Transcrito

5’ Exon 1 Intron A Exon 2

Primário:

Códon n

Intron B

Códon n+1

Exon 3 3’

---------------------

Processamento do RNA  mRNA Exon 1 Exon 2 Exon 3 tradução 
Polipeptídeo

--

A:
C:
D:
E:
F:
G:
H:
I:
K:
L:
M:
N:
P:
Q:
R:
S:
T:
V:
W:
X:
Y:

GCT
TGT
GAT
GAA
TTT
GGT
CAT
ATT
AAA
TTA
ATG
AAT
CCT
CAA
CGT
TCT
ACT
GTT
TGG
TAA
TAT

GCC
TGC
GAC
GAG
TTC
GGC
CAC
ATC
AAG
TTG
AAC
CCC
CAG
CGC
TCC
ACC
GTC
TAG
TAC

GCA

GCG

GGA

GGG

ATA
CTT

CTC

CCA

CCG

CGA
TCA
ACA
GTA

CGG
TCG
ACG
GTG

TGA

CTA

CTG

AGA
AGT

AGG
AGC

Problema:
Dada uma proteína e uma seqüência de DNA, é possível compará-las, apesar de terem unidades distintas, existirem erros de notação e Introns?

O que é o WISE2 ?
Wise2 é um pacote orientado à comparação de biopolímeros, comumente seqüências de
DNA e proteínas.

Mas já não existem outras ferramentas que fazem isso?

Concorrentes:

•BLAST package ( NCBI) Sequence Searching
•Fasta package (Bill Pearson) Sequence Searching
•SAM package (UC Santa Cruz)

HMM

•HMMER package (Sean Eddy)

HMM

• Pfam

Quais as vantagens do WISE2?
•O ponto forte do Wise2 é a comparação de seqüência de DNA a nível de sua tradução protéica .
•Implementação dos algoritmos mais robusta:
Manuseio de grandes pedaços de DNA sem estouro de memória;

•Integração tecnológica faz do WISE2 o parceiro ideal para o HMMER e Pfam;
•Design permite reutilização e alteração do código.

Desvantagens
• Entradas