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A origem da Arma remonta à Marinha Portuguesa, existente já desde o século XII. A transferência da sede do Reino de Portugal, para o Brasil, em 1808, levou a que, para aqui, também fosse transferida uma parte importante da estrutura, pessoal e navios da Marinha Portuguesa. Estes seriam o núcleo da futura Marinha do Brasil.
A Armada Nacional (como foi chamada a Marinha de Guerra brasileira durante o regime monárquico) surgiu com a Independência do país. Era formada quase que em sua totalidade por embarcações, pessoal, organizações e doutrinas provenientes da transmigração da Família Real de Portugal em 1808. Os seus membros eram alguns poucos brasileiros natos (até então quase todos proibidos de servir), portugueses que optaram por aderir à causa da separação (e que consequentemente foram naturalizados brasileiros) e estrangeiros de vários países contratados como mercenários. Também foram aproveitados vários órgãos criados por João VI de Portugal, tais como: a Secretaria da Marinha, o Quartel-General, a Intendência e Contadoria, o Arsenal de Marinha, a Academia Real dos Guarda-Marinhas, o Hospital, a Auditoria, o Conselho Supremo Militar, a Fábrica de Pólvora, os Cortes de Madeira e outros. Como primeiro Ministro da Marinha foi nomeado o brasileiro nato Capitão de Mar-e-Guerra Luís da Cunha Moreira (futuro visconde de Cabo Frio) em 28 de outubro de