Vantagens e desvantagens

Alagamento de grandes áreas
No processo de instalação de grandes centrais hidrelétricas, como Itaipu e Belo Monte, se faz necessário o represamento de grandes quantidades de água. No entanto esse processo gera imenso impacto ambiental, na maioria das vezes com consequência imensuráveis.
É o caso do que aconteceu em Itaipu, que submergiu nas águas de seu imenso lago a queda água de maior volume do mundo, a Cachoeira das 7 quedas, que possuía volume de água cerca de 10 vezes maior do que a também imensa Cataratas do Iguaçu, trazendo imenso prejuízo para o patrimônio cultural e ao turismo da região, condenando ao abandono cidades que dele viviam como a cidade de Guaíra.
Além do prejuízo cultural e turístico também ouve o prejuízo da fauna e flora da região, onde se perdeu o habitat de milhares de espécies vegetais e animas, algumas inclusive endêmicas da região.
Prejuízo semelhante poderá a vir ocorrer na usina de Belo Monte se consumada a sua construção, usina que alagará uma imensa porção de vegetação amazônica e mudará o curso do rio Xingu, habitat de inúmeras espécies vegetais e animais, extinguindo espécies ainda desconhecidas do ser humano. Além de modificar por completo o ecossistema da região onde hoje se encontra a maior concentração de povos indígenas no Brasil.
Processo de decomposição de matéria orgânica no fundo de represas
Estudos mostram que as hidrelétricas produzem quantidade significante de gases como metano, gás carbônico e óxido nitroso, gases responsáveis pelo efeito estufa.
O gás metano é gerado a partir da decomposição da matéria orgânica pré existente no fundo dos lagos, como vegetação e animais atingidos pelas águas no momento de represamento das águas.
Já o gás carbônico é emitido pela ação de algas primárias, que atuam na decomposição de nutrientes trazidos pelas águas até os reservatórios e também na dos pré-existentes no local em função da presença de matéria orgânica submersa.
Em alguns casos as usinas hidrelétricas podem ser até mais