A universidade utiliza 4 formas de ingresso no ensino superior. Uma delas é através do Processo Seletivo Contínuo (PSC), vestibular seriado, criado no final da década de 1990, através da Resolução 18/98 do Conselho de Ensino e Pesquisa (CONSEP), exclusivo para alunos das 3 séries do ensino médio das escolas reconhecidas e registradas no estado do Amazonas, que seleciona os candidatos que obtiveram melhor pontuação ao longo dos três anos do processo, sendo responsável pelo preenchimento de 50 % das vagas da universidade, tanto do campus da capital quanto dos campus do interior do estado. Outra forma de ingresso na UFAM é através do Sistema de Seleção Unificada (SiSU), que utiliza as notas do Exame Nacional do Ensino Médio (ENEM) para o preenchimento dos outros 50% das vagas da universidade, substituindo, desde o processo seletivo para o ano de 2010 o Processo Seletivo Macro (PSM) e o Processo Seletivo Macro Verão (PSMV), que eram os vestibulares tradicionais da universidade e que preenchiam as vagas, respectivamente, do campus da capital e dos campus do interior. O Processo Seletivo Macro Verão, embora substituído pelo uso do SiSU, ainda pode ser considerada a terceira forma de ingresso na universidade, pois tem o papel de preencher as vagas que sobram das matrículas dos aprovados tanto no SiSU quanto no PSC, porém, o preenchimento se dá apenas para as vagas nos campus do interior. Existe ainda uma quarta forma de ingresso, o Processo Seletivo Extramacro (PSE), que é a forma de seleção para ocupação de vagas nas modalidades transferência facultativa, reopção de curso, portador de diploma e complemento de habilitação, cujo edital é previsto no calendário acadêmico da universidade.