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Devido à suas características de relevo, predominam na região os rios de planalto, naturalmente encachoeirados. Entre as várias bacias hidrográficas, merecem destaque:

Bacia do Paraná — O rio principal é formado pela junção dos rios Paranaíba e Grande. Nessa bacia se localizam algumas das maiores hidrelétricas do país, tanto no rio Paraná (Urubupungá e Itaipu) como nos rios Paranaíba (Cachoeira Dourada e São Simão) e Grande (Furnas e Volta Grande).
Bacia do São Francisco — O principal rio nasce em Minas Gerais, na serra da Canastra, atravessa a Bahia e alcança Pernambuco, Alagoas e Sergipe, no Nordeste. Recebendo alguns grandes afluentes e outros menores, que chegam inclusive secar .No seu alto curso, que vai da nascente a Pirapora (Minas Gerais), o São Francisco é acidentado e não-navegável, oferecendo, por outro lado, alto potencial hidrelétrico. A Usina Hidrelétrica de Três Marias foi aí construída a fim de regularizar o curso do rio, fornecer energia elétrica e ampliar seu trecho navegável, através de comportas que fazem subir o nível das águas. Já no médio curso, que estende de Pirapora e Juazeiro (estado da Bahia), o rio é inteiramente navegável. O baixo curso do São Francisco localiza-se inteiramente na região Nordeste.
Bacias do Leste — São um conjunto de bacias secundárias de diversos rios que descem das serras litorâneas para o Atlântico, merecendo destaque as bacias dos rios Pardo, Rio Doce e Jequitinhonha, em Minas Gerais, e Paraíba do Sul, em São Paulo e Rio de Janeiro.
Bacias do Sudeste-Sul — A região Sudeste é drenada também por estas bacias, destacando-se a do rio Ribeira do Iguape, no estado de São