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Na cadeia alimentar temos a comunidade fitoplanctônica como representante em ambientes aquáticos e sendo considerada por pesquisadores como um dos principais produtores do ecossistemas. Isto ocorre devido ao papel exercido pelos organismos fitoplanctônicos, que produz matéria orgânica inicial que determina o funcionamento da maioria das teias alimentares e, com isso, sustentando os demais níveis tróficos.
A comunidade fitoplanctônica é basicamente formada por microalgas onde são representadas, principalmente, pelas cianofíceas (Cyanophyta), euglenofíceas (Euglenophyta), dinoflagelados (Pyrrophyta), diatomáceas (Chrysophyta) e algumas clorofíceas (Chlorophyta). Apresentam-se de forma isolada, colonial ou filamentosa, podendo ter hábitos flutuantes (planctônicas), estarem aderidas a diversos substratos (epifitas, epizóicas, epipélicas, epilíticas, etc.), ou vivendo diretamente em contato com o sedimento do fundo (bentônicas) (HOEK et al., 1995).
Além de constituírem uma comunidade bastante heterogênea, existe também diversidades em dimensões, por isto existem vários grupos, cada um designando uma dimensão, desde picoplâncton (0,2-2,0μm) até macrplâncton (0,2-20,0mm) (referência, ano).
Os ecossistemas lóticos (rios) são caracterizados pelo fluxo contínuo da água da nascente á foz. Diversas características determinam as condições hidrológicas e ecológicas de um rio, sendo elas climáticas, geomorfológicas, geológicas, edáficas e fitossociologias.
A qualidade da água bruta de um manancial depende das características da bacia hidrográfica, incluindo clima, hidrologia, geologia, pedologia, morfologia, usos e ocupação da terra. Os lagos naturalmente recebem os sedimentos onde a decomposição do material produz nutrientes ainda em concentrações baixas, dentro de um ciclo natural. A partir do momento que a agricultura ocupa a bacia, os processos de fertilização para maximizar o rendimento das culturas acabam implicando em aportes significativos de