Tomé
Em 1549, Tomé de Sousa chegou ao Brasil, trazendo consigo centenas de colonos, degredados e religiosos, estes chefiados pelo Padre Manuel da Nóbrega. Nomeado por um período de quatro anos, doou sesmarias aos colonos para que montassem fazendas. No dia 1º de maio de 1549 começou a construir a cidade de Salvador, que seria a primeira capital do Brasil. Os trabalhos tiveram a ajuda de nativos amigos de Diogo Álvares Correia, o Caramuru, náufrago português que viveu 22 anos isolado com os tupinambás. Entre os principais problemas enfrentados pelo primeiro governador-geral, estava a luta pelo reconhecimento de sua autoridade, contestada por diversos donatários, entre os quais Duarte Coelho, da próspera capitania de Pernambuco, pois os mesmo não aceitavam, na prática, a acatar suas ordens. Tais problemas só foram superados com o tempo. Dentre as principais realizações desse governo, destacaram-se os incentivos à lavoura da cana-de-açúcar, o início da criação de gado e a organização de expedições que saíam pelas matas à procura de metais preciosos. Além disso, procurou Tomé de Sousa empreender visitas às capitanias que estavam ao seu alcance, para o encaminhamento de soluções administrativas.
Duarte da Costa(1553-1558) Em 1553, um novo governador-geral foi nomeado para o Brasil: Duarte da Costa. Este governante trouxe para a colônia outros jesuítas para o Brasil, destacando-se entre eles o padre José de Anchieta. Ao contrário do governos anteriores, este foi, do ponto de vista dos interesses administrativos, particularmente tumultuado. Ocorreram desentendimentos com o bispo D. Sardinha, motivados pelas críticas que aquela autoridade religiosa fazia ao comportamento moral do jovem Álvaro Duarte da Costa, filho do governador. Durante o seu governo, os franceses tentaram se estabelecer no (hoje) Rio de Janeiro, fundado ali um povoamento que se chamou França Antártica. Contudo, foi nesse governo que os padres José de Anchieta e Manoel da