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A pesquisa de Thomas Hunt Morgan começou com um objetivo inicial bem diferente ao que ia buscar ao final, isto é, no início Morgan foi um forte opositor tanto da teoria mendeliana como da teoria cromossômica. A primeira procurava estabelecer um paralelo entre o comportamento dos fatores (cruzamentos) e o comportamento dos cromossomos (citológicos). Já a segunda foi formulada a partir de estudos citológicos onde haviam sido identificados no núcleo das células em divisão estruturas chamadas cromossomos, que acreditavam ser portadoras de elementos responsáveis pela hereditariedade. Nesse período, Morgan não temia desafiar dogmas existentes. Num mesmo ano (1910), após publicar um artigo atacando ambas as teorias, começou a publicar uma série de artigos através do que, gradualmente, passou a aceitar e defender.
Na primeira década do século XX, apesar do avanço do conhecimento experimental e do esclarecimento conceitual relativo às leis de herança, os geneticistas não aceitavam, de modo geral, a hipótese cromossômica da herança. Bateson, Johannsen, Richard Goldschimdt e Thomas H. Morgan, entre outros, publicaram trabalhos em que combatiam essa hipótese. No entanto entre 1910 e 1915, a situação sofreu uma grande mudança. Thomas Morgan e sua equipe, através de uma série de estudos sobre a hereditariedade usando a mosca das frutas (Drosophila melanogaster), encontraram evidências favoráveis à hipótese cromossômica da herança. Ele utilizou este tipo de mosca por estas