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Em 2004 a confederação nacional dos trabalhadores na saude pediu ao Supremo a permissão para, em caso de anencefalia, ser interrompida a gravidez. O ministro Marco Aurélio concedeu liminar para autorizar a antecipação do parto quando a deformidade fosse identificada por meio de laudo médico. Porém, pouco mais de três meses depois, o plenário decidiu, por maioria de votos, cassar a autorização concedida. Em 2008, audiências públicas reuniram cientistas, médicos, religiosos e entidades da sociedade civil para discutir o tema mtribunal federal decidiu pela procedencia da arguicao de descumprimento de preceito fundamental(ADPF n°. 54), ajuizada pela Confederação Nacional dos Trabalhadores na Saúde (CNTS), para permitir que gestantes de fetos anencéfalos tenham o direito de interromper a gravidez, dando interpretação conforme à Constituição Federal aos artigos 124, 126, e 128, incisos I e II, todos do Código Penal. O caso foi julgado por 10 dos 11 ministros que compõem a Corte. Além de Marco Aurélio, votaram a favor da prática os ministros Rosa Weber, Joaquim Barbosa, Luiz Fux, Cármen Lúcia, Ayres Britto, Gilmar Mendes e Celso de Mello. Divergiram da maioria dos ministros Ricardo Lewandowski e o presidente do STF, Cézar PelusoDias Toffoli não participou porque se declarou impedido, já que, quando era advogado-geral da União. O placar final do julgamento foi de 8 a 2
.A antecipação do parto de um feto anencéfalo passa a ser voluntária e, caso a gestante manifeste o interesse em não prosseguir com a gestação, poderá solicitar serviço gratuito do Sistema Único de Saúde (SUS), sem necessidade de autorização judicial. Os profissionais de saúde também não estão sujeitos a processo por executar a prática.Segundo o relator do processo no STF, ministro Marco Aurélio Mello, já foram concedidas 3 mil autorizações judiciais no País para interrupção da gravidez de feto anencéfalo. A cada mil recém-nascidos no Brasil, um é diagnosticado com a má-formação cerebral.