Tudo começa em 1945, quando Daniel Sempere completa os seus 11 anos. Nesse dia lamenta-se por não conseguir lembrar-se do rosto da sua mãe já falecida. O seu pai, ao ver o filho triste leva-o ao Cemitério dos Livros Esquecidos numa madrugada enevoada. . Uma biblioteca secreta e labiríntica, onde se encontram obras abandonadas pelo mundo. Lá, Daniel escolhe um livro, "A Sombra do Vento" escrito por Julián Carax, um barcelonês. Ao lê-lo Daniel fica fascinado pelo livro e começa a procura de mais obras de Carax. Descobre então que alguém tem queimado todos os exemplares. O que Daniel tem em mãos pode ser o último. Intrigado pelo mistério Vai ter com Dom Gustavo Barceló, um livreiro amigo do seu pai, seriamente interessado na compra do livro mas Daniel não o vende por preço nenhum. Clara Barceló, sobrinha de Dom Gustavo e cega mostra a Daniel os primeiros elementos de Carax e da sua obra. Daniel apaixona-se por Clara, que acaba por desiludi-lo ao vê-la na cama com o seu instrutor de música. Este ao reparar no Daniel expulsa-o da casa dos Barceló com um par de murros e pontapés. Um mendigo, Fermín Romero de Torres, ao reparar no estado do rapaz imediatamente oferece abrigo da chuva. Um dia quando o pai lhe diz que precisa de um empregado, Daniel lembra-se de Fermín, e assim, com o passar do tempo ele conta-lhe que anda a tentar descobrir os segredos do escritor Julián Carax. Inconscientemente, Fermín torna-se o melhor amigo de Daniel. À medida que vai descobrindo coisas sobre Carax, Daniel percebe que a sua obra está relacionada com uma história de amor entre o próprio Julián, filho de um modesto chapeleiro, e Penélope Aldaya, filha de uma família da alta sociedade. Enquanto as personagens e a cidade lhe vão revelando os seus segredos e mistérios deste amor, o próprio Daniel também vai descobrir o seu verdadeiro amor por Bea (Beatriz), a irmã mais velha do seu melhor amigo, Tomás Aguilar. Daniel leva-a ao Cemitério dos Livros Esquecidos, apresentando-lhe Julián