Relatório de Bioinformatica 2014.2

Relatório de Bioinformática
Curso: Ciências Biológicas – Biofísica
Disciplica: Bioinformática
Professor: Francisco Lopes
Aluna: Tainá Moreira M. Venas

Objetivo:
Tal relatório teve como objetivo principal a construção de três modelos de estruturas tridimensionais para uma dada sequência proteica que não possui estrutura tridimensional resolvida. A construção de tais modelos é importante visto que proteínas que possuem estruturas conservadas possuem, provavelmente, funções conservadas. Para a construção dos modelos foram utilizadas diferentes técnicas - Swiss Model (Manual e Automatico) e MHOLline - com o objetivo de construir, analisar, comparar, validar o melhor modelopara tal sequência.

1. Identificação da sequência:
Inicialmente foi feita a identificação da sequência abaixo:
MFINRWLFSTNHKDIGTLYMIFGAWAGMVGTGLSILIRAELGQPGSLLGDDQIYNVVVTAHAFVMIFFMV
MPIMIGGFGNWLVPLMIGAPDMAFPRMNNMSFWLLPPSFFLLLASSMVEAGAGTGWTVYPPLAGNLAHAG
ASVDLTIFSLHLAGVSSILGAINFITTIINMKPPAITQYQTPLFVWSVMITAILLLLSLPVLAAGITMLL
TDRNLNTTFFDPAGGGDPILYQHLFWFFGHPEVYILILPGFGMISHIVTYYSGKKEPFGYMGMVWAMMSI
GFLGFIVWAHHMFTVGMDVDTRAYFTSATMIIAIPTGVKVFSWLATLHGGNIKWSPAMLWALGFIFLFTI
GGLTGIVLSNSSLDIVLHDTYYVVAHFHYVLSMGAVFAIMGGFVHWFPLFTGYTLNDTWAKIHFTIMFVG
VNMTFFPQHFLGLAGMPRRYSDYPDAYTTWNTISSMGSFISLTAVILMVFIIWEALASKRVVKSIPLTST
NLEWMHGCPPPFHTFEEPAFIKSSIK
O primeiro passo para realizar a identificação foi fazer a notação da sequência com o intuito de inferir informações sobre a mesma. Isso foi feito com o auxilio de vários bancos de dados e durante um blastp contra um banco de dados não redundante minha sequência foi descrita como:cytochrome oxidase subunit I (mitochondrion)pertencente ao organismoCratogeomys fumosus, e a superfamília Hemecopper oxidase subunit I.Citocromo c oxidase (CCO), a oxidase de terminal nas cadeias respiratórias é uma proteína transmembranar de multi-cadeia localizada na membrana interna de mitocôndrias e na membrana celular de procariotos. Ela catalisa a redução de O2 e, simultaneamente, bombeia