Programação
O ponto mais forte da metodologia de Jackson seja a sua orientação para a estrutura de dados. Na maior parte dos projetos, os processos são razoavelmente simples, enquanto as estruturas de dados podem ser muito mais complexas. Por outro lado, Jackson não dá importância ao projeto da lógica de controle, desde que seja imposta pelas estruturas de dados. Orienta sua metodologia para programas simples (ou programas complexos decompostos até que possa ser vista como um programa simples). Também pressupõe que existe previamente um certo nível de especificação, o que nem sempre é verdade. Além disso a metodologia está mais voltada para uma visão hierárquica das estruturas de dados, nem sempre real (e cada vez menos comum nos sistemas on-line, baseados em bancos de dados).
A metodologia Warnier-Orr é bastante inovadora em relação às demais, tendo sua base na lógica de conjuntos da matemática. Ela parte da especificação das saídas do sistema, para deduzir processos e dados de entrada, e seu diagrama, que separa adequadamente aspectos lógicos e físicos do sistema. Entretanto, como esse diagrama se estende do geral para o particular de uma forma praticamente linear (da direita para a esquerda), fica realmente difícil representar sistemas de algum porte. Nesse caso o diagrama pode ocupar várias folhas, difíceis de serem visualizadas em conjunto. Mas a principal limitação dessa metodologia é a sua inadequação para representar estruturas de dados que não sejam hierárquicas, como as de vários dos atuais sistemas de bancos de dados. Outra questão é a extrema orientação para as saídas do sistema. Isso provavelmente favorece a construção de sistemas voltados para a emissão de relatórios ou consultas, mas parece inadequado para sistemas mais complexos.
Metodologias estruturadas (em geral)
Em geral as metodologias estruturadas dão pouca importância aos factores humanos (interacção com o usuário, interfaces e mesmo a