marcas epigenéticas

A epigenética é, de forma simplificada, o estudo de modificações herdáveis na cromatina, que ocorrem sem que haja alteração da sequencia de DNA. A essas modificações, dá-se o nome de marcas epigenéticas, as quais podem ocorrer através da metilação e hidroximetilação de citosinas, entre outras formas.
A principal técnica utilizada para a análise da metilação do DNA é o sequenciamento de DNA tratado com bissulfito de sódio, que permite a distinção entre 5-metil-citosina (citosina metilada) e citosina. Primeiro, trata-se o fragmento de DNA com o bissulfito, o qual converte as citosinas não metiladas em uracilas e as metiladas ficam protegidas e permanecem citosinas. Em seguida, utiliza-se a técnica de PCR para multiplicar o fragmento, sabendo-se que o primer não deve se ligar às ilhas CpG. A uracila é, então, amplificada como timina e as citosinas metiladas, como citosinas. Ao obter o fragmento de interesse amplificado, deve-se sequenciá-lo e compará-lo no Gene Bank para analisar quais citosinas eram as metiladas no início. Uma desvantagem dessa técnica está no fato de que a conversão de citosinas não metiladas em uracilas pode não ser completa, o que acarretaria em erros no resultado; além disso, esta técnica não distingue citosinas metiladas das hidroximetiladas, que constituem dois graus diferentes de metilação. Já uma vantagem é a rapidez e a obtenção do grau de metilação, caso seja usada a PCR em tempo real para amplificação.
Há também uma técnica, chamada de sequenciamento oxidativo por bissulfito, que é utilizada para a análise da hidroximetilação do DNA, a qual utiliza perrutenato de potássio (KRuO4) para converter citosinas hidroximetiladas em citosinas normais. Primeiro trata-se uma amostra do fragmento de DNA a ser analisado com bissulfito, como foi citado antes. Ao mesmo tempo, trata-se outra amostra do mesmo fragmento com o rutenato (para que converta as citosinas hidroximetiladas em normais), e depois com bissulfito de sódio (para que as citosinas