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Em 1925, devido ao alto índice de mortalidade infantil por infecções intestinais no Japão o Dr. Minoru Shirota medico e pesquisador em microbiologia ao sistema gastrointestinal iniciou estudos e pesquisas sobrelactobacilos intestinais como o objetivo de usá-los em prol a medicina preventiva. Nesta época, a medicina preocupava-se mais com o tratamento do que a prevenção das doenças. No ano de 1930, após anos de continuas pesquisas Dr. Shirota selecionou uma espécie de lactobacilos (microrganismos vivos com a biotecnologia já conhecida da Fermentação láctea), resistentes a acidez do estomago e, que se mantendo vivos no intestino, inibiam a proliferação de bactérias intestinais nocivas. Desta forma, promoviam o equilíbrio da flora intestinal. Estes microorganismos revolucionaram todos os conceitos da área de saúde e foram denominados Lactobacillus Carci Shirota.
A empresa chegou ao Brasil em 1966 e, em 1968, começou a fabricação do produto na fábrica de São Bernardo do Campo, no ABC paulista. Em 1999, a Yakult inaugurou a mais moderna fábrica da empresa, em Lorena. No mundo, 28 milhões de frascos de leite fermentado Yakult são consumidos diariamente.
A Yakult está presente em 32 países (incluindo escritórios de representação). No Brasil, são 6 mil comerciantes autônomas. A fábrica de Lorena produz média de 2,1 milhões de frascos de leite fermentado Yakult diariamente
A marca Yakult é pioneira em alimentos à base de leite desnatado, fermentado por lactobacilos selecionados, os exclusivos pro bióticos Lactobacilos casei Shirota. A filosofia da marca Yakult é trabalhar de forma contínua para tornar a vida mais saudável e o consumidor mais satisfeito. Segundo David Aaker, há quatro elementos importantes para o valor da marca. Primeiramente, é oreconhecimento e a visibilidade da marca. Sem o reconhecimento não há marca. O autor cita que quando as pessoas ouvem falar de uma marca tem que assimilar a algo confiável, aceito e que