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Para receber a demanda prevista até o ano 1998, o aeroporto deveria ter pelo menos duas pistas paralelas e independentes, com distância mínima de 1310 metros entre elas, permitindo funcionarem ao mesmo tempo, e um terminal de passageiros situado entre essas pistas. Mas devido às peculiaridades do terreno e pelas dificuldades de uma futura ampliação, por causa da necessidade de desapropriações em áreas povoadas, a alternativa escolhida combinava duas pistas paralelas e dependentes, ou seja, não poderiam operar simultaneamente, distanciadas 375 metros entre si, com 3000 metros e 3500 metros de comprimento, e outra pista de 2025 m situada a norte das pistas, a 1375 metros da pista mais próxima. Esta configuração permitia consumir toda a capacidade da área disponível, sem interferir com o funcionamento da Base Aérea de São Paulo.
As duas pistas mais longas seriam suficientes para atender a demanda até 1998, deixando a terceira pista como uma opção quando o movimento começasse a se aproximar do limite da capacidade das duas primeiras pistas. Em função de seu afastamento, a terceira pista apresentaria seria totalmente independente em das demais, possibilitando um aumento da capacidade anual de operação do aeroporto para 450 mil pousos e decolagens.
A proposta final consistia em quatro terminais de passageiros. Segundo o Plano Diretor, na etapa inicial de construção, apenas dois terminais de passageiros seriam construídos (TPS1 e TPS2), um para atender apenas aos voos domésticos e outro, concomitantemente, aos voos domésticos e