Idade média

A Reforma Protestante, iniciada por Martinho Lutero em 1517, que originou inicialmente o luteranismo, demonstrou uma grande controvérsia sobre a liberdade religiosa. Inicialmente a religião luterana foi perseguida pela religião católica, até Carlos V em 1555 no Sacro Império Romano, ter concordado em tolerar o luteranismo na Paz de Augsburgo. Cada estado deveria tomar a religião de seu príncipe, mas dentro desses estados, não houve necessariamente a tolerância religiosa, tendo as igrejas luteranas se fundido com os principados formando as Landeskirchen. Cidadãos de outras religiões poderiam deslocar-se para um ambiente mais hospitaleiro. Tanto o catolicismo quanto o luteranismo continuavam perseguindo outras religiões, como o anabatismo. Em Genebra João Calvino instala um governo de caráter teocrático, proibindo as demais religiões.
Apenas em 1558 a Dieta da Transilvânia de Turda declarou livre a prática de ambas as religiões católica e luterana, mas proibiu o calvinismo. Dez anos depois, em 1568, a Dieta estendeu a liberdade para todas as religiões, declarando que "Não é permitido a ninguém para intimidar alguém com prisão ou expulsão devido à sua religião". O Édito de Turda é considerado pelos historiadores como a primeira garantia legal de liberdade religiosa na Europa cristã.
Encarar a investidura laica como uma usurpação da autoridade da Igreja não é correto, uma vez que a Igreja obtinha proteção, influência e uma riqueza considerável com o apoio dos governantes seculares.
A QUERELA DAS INVESTIDURAS
A Questão das investiduras, Controvérsia das Investiduras, ou mesmo Guerra das Investiduras foi o conflito mais significativo entre Igreja e Estado na Europa medieval. Nos séculos XI e XII, uma série de papas lutaram contra a intromissão das monarquias europeias nas investiduras (nomeações) de bispos, abades e dos próprios papas, tentando restaurar a disciplina eclesiástica.
A Querela das Investiduras iniciou um processo de separação da Igreja e do Estado, o