Governo Geral
Tomé de Sousa foi o escolhido para exercer a função de primeiro governador-geral em 29 de março, na Baía de Todos os Santos, acompanhado de uma expedição de cerca de 1.000 homens. Ele formou a primeira cidade do Brasil, Salvador, que acabou se tornando a capital do país por sua estratégica posição geográfica entre o sul e o norte do país.
A principal função do governador-geral era impedir que os franceses ocupassem o litoral brasileiro, garantir que as capitanias distribuídas estivessem seguras e cuidar da administração do país. Para auxiliar na tarefa, o governador-geral criou os seguintes cargos
ouvidor-mor, que era responsável pela justiça; provedor-mor, responsável pela carga tributária; capitão-mor, responsável pela defesa;
Durante seu mandato, que durou de 1549 a 1553, Tomé de Sousa cuidou de manter uma relação pacífica com os índios, pois precisava erguer a cidade de Salvador próximo aos territórios indígenas. Nomeou o primeiro bispo, D. Pero Fernandes Sardinha, para comandar a missão de catequizar os índios com a intenção de obter o consenso entre eles e ampliar o domínio lusitano no território brasileiro.
Mas essa relação pacífica com os índigenas foi por água abaixo quando Duarte da Costa ocupou o cargo de governador-geral, em 1553, e tentou usá-los como mão-de-obra escrava, mesmo os que já foram catequizados. Esse ato irritou o bispo Fernando Sardinha, que tomou partido pelos índios e decidiu entrar em conflito com os