Deus
Alguns teólogos e religiosos dizem que a ciência nada pode falar sobre Deus, já que a ciência estuda o mundo natural e Deus faz parte do mundo sobrenatural. Há problemas com tal separação. Primeiro, se Deus é uma entidade completamente sobrenatural, não tem como ele interferir na vida dos seres humanos, que residem no mundo natural. Mas quando Deus atende uma prece e salva uma vida, há uma intervenção direta no mundo natural, que é passível de investigação pela ciência. Aliás, uma pergunta extremamente válida é justamente de que maneira Deus atua, por exemplo, nas partículas de um tumor para reduzir seu tamanho? Em segundo lugar, essa separação é totalmente arbitrária. Por que a realidade é, obrigatoriamente, separada em duas? Não podemos pré-definir o que é a realidade, não podemos forçar a realidade a encaixar com nossas crenças. São as nossas crenças que devem ser adaptadas de acordo com as evidências da realidade. Ciência é justamente a maneira de interrogar como a realidade funciona.
Na história da humanidade, acreditamos em diversos deuses diferentes. À medida que o nosso conhecimento sobre o funcionamento do Universo foi aumentando, o papel de Deus (ou deuses) nas explicações foi diminuindo. Porém, muitas pessoas acreditam, pelo menos, em uma forma de criacionismo.
Antes de Charles Darwin publicar A Origem das Espécies, dominava a crença de que Deus tinha criado as espécies de forma independente. O teólogo William Palley fez a seguinte analogia: assim como a complexidade do design de um relógio nos leva à conclusão de que ele possui um criador, o mesmo pode ser dito em relação ao olho humano, por exemplo. Palley argumentou que "todas as manifestações de um design que existem no relógio existem também nas obras da natureza..."Para Palley, Deus tem função similar de um relojeiro; Deus é o criador inteligente da complexidade observada na natureza. No entanto, Charles Darwin e Alfred Russel Wallace mostraram que, na