Comparação entre sequenciadores de genoma ngs

Universidade Federal do Pará
Instituto de Ciências Biológicas
Faculdade de Biotecnologia
Disciplina de Bioinformática
Prof. Dr. Rommel Thiago Jucá

Performance comparison of whole-genome sequencing platforms
Hugo Y K Lam, Michael J Clark, Rui Chen, Rong Chen, Georges Natsoulis,
Maeve O’Huallachain,Frederick E Dewey, Lukas Habegger, Euan A Ashley,
Mark B Gerstein, Atul J Butte, Hanlee P Ji & Michael Snyder

José Paulo Lavareda
Mayque Miranda
Pedro Aviz
Roberto Moraes
Viviani Jardim
Belém – Pa
2013

Introdução

Illumina HiSeq 2000

Complete Genomics

Introdução
• Pontos em comum:
Sequenciamento de genomas inteiros;
Leituras relativamente curtas;
Alta cobertura no sequenciamento.

Materiais e Métodos
• Coleta das amostras:
Células sanguíneas (PBMCs);
Saliva.

Materiais e Métodos

Células sanguíneas foram isoladas por centrifugação

20 mm de saliva também foram isolados e processados imediatamente

Utilização do kit
DNA
Allprep/RNA/Mi ni protein

Materiais e Métodos
• Para o sequenciamento, foi utilizado a saliva e 10 microgramas do DNA genômico isolado das PBMCs.
• Illumina HiSeq 2000
101 pares de bases emparelhados • Complete Genomics
35 pares de bases emparelhados Materiais e Métodos
• Sequenciamento por Sanger;
• Amplificação por PCR;
• Software Primer Optimus;
• Kit Agilient Sure Select.

Materiais e Métodos
• Avaliação Cumulativa da Cobertura
• Illumina HiSeq 2000
BedTools
CoverangeBed
Comparados com o genoma humano
HG19

• Complete Genomics
Arquivos de referência para cada cromossomo
Cobertura avaliada diretamente desses arquivos Materiais e Métodos
• Detecção e Anotações de Single Nucleotides Variants
(SNVs) e INDELs
• Illumina HiSeq 2000

• Complete Genomics

Programa Genome
Analisys Toolkit
(GATK);

Arquivos Marter Var;

Modelo Dindel de detecções de Indel

Master Var to VCF

Conversão para VCF;

Materiais e Métodos
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