Capitão Mor
Com o passar dos tempos e o surgimento do exército pago, já no período da Guerra da Restauração, o capitão-mor transitou de posto militar para cargo que podia ser desempenhado por militar com qualquer patente, fosse ele do exército pago ou da milícia de ordenança. Esta milícia passou então a ser uma reserva de segunda linha, relegada até para terceira linha, quando em 1646 surgiram os milicianos auxiliares a pé, e em 1650 os auxiliares a cavalo. Não obstante, a capitania-mor manteve o prestígio de tempos anteriores, pois além das já referidas tarefas de recrutamento, treino e comando de tropas da ordenança, implicava também as funções de governo militar da localidade (caso não existisse um governador especificamente designado por entidades superiores). Em algumas terras esse governo podia caber a um sargento-mor (da ordenança), embora as funções primordiais deste fossem eminentemente militares.
Em 1764 as capitanias foram agrupadas em 45 distritos de recrutamento.
Em 1808 os distritos de recrutamento foram subsituídos por 24 brigadas de ordenança, cada uma delas, dividida em oito capitanias. Os capitães-mores eram, então, equiparados aos tenentes-coroneis das tropas de 1ª e 2ª