Canal do linguado
Tem uma extensão de aproximadamente 23 km. Sua largura média é de 2 Km e se torna mais estreito na direção da barra sul, sendo e mais largo na direção da Babitonga. Existem alguns rios que desembocam nas águas do canal, como os rios Parati e Paranaguá-Mirim, em Araquari e rios Pinheiros e Miranda de menor expressão.
O canal, no trecho lagunar sul, além de estreito, possui vinte e duas ilhotas, sem contar a do Linguado (às vezes denominada João Dias), que é a maior em todo o braço de mar, com quatro quilômetros de comprimento. Exemplos são a ilha do Monteiro e a ilha do Lino, que ficam praticamente unidas à ilha de São Francisco, e a ilha da Passagem, que está quase agregada às suas margens continentais.
O canal foi fechado por um aterro para permitir a passagem da estrada de ferro, no ano de 1935. Isso resultou numa série de problemasecológicos para a Baía da Babitonga e para a laguna da Barra do Sul pela interrupção do fluxo das correntes de maré que tinham grande influência na dinâmica estuarina. Observou-se a partir de então a diminuição das profundidades da baía, assoreamento e queda no rendimento das atividades pesqueiras. Hoje se discute a reabertura do canal para voltar a permitir o fluxo normal das correntes de maré.
Antes de ser aterrado, o canal servia de via de navegação com fluxo razoável de tráfego marítimo pois navios de até 4 metros de calado podiam franquear a barra sul em condições de preamar (maré