Bioinformatica

Faculdade Unifacs
Curso:Biomedicina
Discente:Fernanda Souza
Construção de modelo por homologia.
Sequência:
>Fernanda
MKPNSILGLSHGFLLGHLQSAGLDFPKNISVIAVCPKGMGPSVRRLYVQGKEINGAGINSSFAVHQDVDGRATDVALGWSVALGSPFTFATTLEQEYKSDIFGERGILLGAVHGIVEALFRRYTEQGMDEEMAYKNTVEGITGIISKTISKKGMLEVYNSLTEEGKKEFNKAYSASFYPCMDILYECYEDVASGSEIRSVVLAGRRFYEKEGLPAFPMGNIDQTRMWKVGEKVRSTRPENDLGPLHPFTAGVYVALMMAQIEVLRKKGHSYSEIINESVIESVDSLNPFMHARGVAFMVDNCSTTARLGSRKWAPRFDYILTQQAFVTVDKDAPINQDLISNFMSDPVHGAIEVCAELRPTVDISLDFDTSVFNKEKVSLAGHEEYIVRGGRNLFPLLPEAFKGIKQIGVIGWGSQGPAQAQNLRDSLAEAKS
Procheck: Gráfico de Ramanchandran

Modelo construído com identidade de 98,3% Modelo constituído com identidade 99,7%
Anolea
Modelo construído com identidade de 99,1% Modelo constituído com identidade 99,9%

1. Descreva o processo, passo-a-passo para a construção de modelos por homologia.

Para fazer o processo de construção de modelos por homologia é necessário acessar a página do “NCBI (National Center for Biotechnology Information”), e depois disso seleciona-se a opção “BLAST” e localiza-se o “protein blast”, local específico para obter os dados necessários para construir o modelo. Ao abrir a página do “PROTEIN BLAST” no espaço de “Enter accession number(s), gi(s), or FASTA sequence” coloca-se a sequência de proteína e no espaço “Choose Search Set” na “Database” escolhe a opção do “PDB” onde será procurado o molde da sequência de proteína. Quando a página abrir, localiza-se a tabela “Description” e com o código de “ACCESSION” que no meu caso foi 1D2K_A, e esse código de acesso deve ser posto no endereço de busca no site do “PDB” para busca a nova sequência proteica. Quando se faz uma nova sequência da síntese proteica, leva para o “swiss model” para obter os dados da proteína molde. Após esse ato seleciona a sequência de maior identidade e uma de menor identidade, sendo que essa de menor identidade não pode ser inferior a 25,0%. Depois de selecionar os dois