Bioinformatica

1 - Banco de Dados
Banco de dados incluem:
- Registros contendo informações
- Organização lógica e estrutura das inform.
- Ferramentas para acessar

Problemas:
- São projetados para administrar dados empresariais, nº simples, caracteres e datas
- Pouca habilidade para dados complexos (multimídia, espacial e genético)

Como deveria ser a pesquisa por dado biolog.:
- Propriedade
- Semelhança estrutural
- Local

BDs Públicos de BIOINFO
1. BDs primários (seq. De nucleotídeos): NCBI, EMBL, DDBJ
2. Meta-database: Entrez
3. Banco de dados genômicos: Ensembi, SGD, TAIR
4. Banco de Dados de proteínas: UNIPROT, InterPRO
5. Bancos de Proteínas : PDB
6. BDs de domínios e motivos protéicos: PFAM,SMART,PROSITE...
7. Bancos de vias metamólicas: KEGG, BioCyc
8. Bancos de dados de expressão gênica: ArrayExpress, GEO
9. BDs de desordens genéticas: OMIM
10. BDs de Ontologia: Gene Ontology

ENTREZ
-Não é banco de dados
-É uma interface todos os componentes de BD podem ser acessados
Espaço de informações inclui:
-Registros PubMed
- Dados sobre seq de nucleotídeos e proteínas
- Info. De estrutura 3D
-Info. De mapeamento
Vantagem: Utiliza apenas uma query

OMIM
Online Medelian Inheritance in Man
- Informaçções de desordens mendelianas, contém: todas as desordes conhecidas e mais de 12.000 genes
- Relação fenótipo e genótipo

Gene Ontology (GO)
- Representação de algo que já sabemos
- Fornece um vocabulário controlado para descrever genes e produtos gênicos de um organismo
- objetiva realizar um trabalho colaborativo para descrever o produto dos genes
- inclui diversos repositórios de genomas e BDs
- Os termos GO são divididos em 3 partes: Componente celular (onde atua), Função molecular (o que ele faz) e Processo Biológico (o que ele produz)
- Estrutura : grafo acíclico direto hierárquico (is_a e part_of)
-Áreas não cobertas: Produtos de genes, processos, domínio de proteínas, interações prot.-prot.
-Desafios: Verificação e manutenção