Aplicação de Ferramentas de Bioinformática na Análise de Sequência Protéica

1. Objetivo:
Em linhas gerais, propõe-se com este trabalho simular a anotação de genes de um organismo a partir de um trecho do genoma do nematódeo Caenorhabditis elegans. Para tanto, serão empregadas diversas ferramentas computacionais estudadas no curso que auxiliam, basicamente, na análise de sequências genômicas e de funcionalidades protéicas. Por fim, será realizado um estudo sobre a evolução de domínios através da construção de uma árvore filogenética utilizando as ferramentas pertinentes. Todos os artefatos bioinformáticos empregadas nesse trabalho serão, na medida do necessário, analisados de maneira crítica quanto à eficácia e confiabilidade. 2. Métodos, resultados e discussões: Com a finalidade de facilitar a compreensão dos procedimentos realizados, estes estão divididos em três itens dispostos na ordem em que foram executados, como segue abaixo:
2.1. Predição de genes e mapeamento de transcritos reais: A partir de um trecho do genoma do nematódeo C. elegans fornecido pelo Prof. Ricardo De Marco, foi realizada uma predição gênica utilizando o programa GenScan. Este retornou três possíveis genes, como sintetizado na Tabela 1.
Tabela 1. Predição de regiões de poliadenilação (PlyA), regiões promotoras (Prom) e exons (Init/Intr/Term) no trecho genômico. As quatro linhas destacadas correspondem ao trecho que diferencia a predição com e sem o mascaramento.
Gn.Ex Type S .Begin ...End .Len Fr Ph I/Ac Do/T CodRg P.... Tscr..

----- ---- - ------ ------ ---- -- -- ---- ---- ----- ----- ------ 1.04 PlyA - 211 206 6 1.05

1.03 Term - 1642 750 893 2 2 20 45 573 0.825 37.80

1.02 Intr - 1835 1782 54 0 0 53 104 51 0.697 1.23

1.01 Init - 2873 2672 202 2 1 67 94 246 0.997 22.19

1.00 Prom - 2938 2899 40 -4.05

2.00 Prom + 4404 4443 40 -9.95

2.01 Init + 4584 4587 4 2 1 60