Anatomia e fisiologia comparada dos vertebrados
A amônia é excretada pelas brânquias ou rins, mas quando o dióxido de carbono entra no sangue, ele se combina com a água, forma o ácido carbônico que por sua vez se divide em um íon de hidrogênio e um de bicarbonato. O aumento de íons de hidrogênio causa uma redução do ph sanguíneos, torna-se mais ácido, prejudicando o trabalho das enzimas que controlam o metabolismo celular. Nos peixes o dióxido de carbono é excretado pela pele e brânquias, nos anfíbios ele é excretado pela pele.Com o avanço evolutivo o dióxido de carbono perdeu sua via de escape e novas soluções surgiram.
As formas de ventilação também foram modificadas, as trocas gasosas cutâneas ainda desempenha um importante papel na modesta respiração de pequenos organismos. Entre os protocordados a respiração foi desenvolvida em cestas branquiais que, possivelmente, possibilitou a evolução de meios mais complexo de respiração e independência da respiração cutânea. Bombas musculares permitiram a aquisição de maiores tamanhos e estilos de vida mais ativos.
A transição da vida marinha para a vida terrestre incluiu mudanças no sistema respiratório como a aquisição de novos órgãos e tipos de bomba de ventilação. A aquisição de órgãos especializados na respiração é essencial e ocorreu varias vezes durante a evolução. Nos peixes ósseos de desenvolveu com funções respiratórias e hidrostáticas na forma de bexiga natatória vascularizada, parte do trato digestivo, câmaras branquiais e pulmões.
Os peixes pulmonados nos trazem a idéia de que os pulmões evoluíram