Algoritmos em Bioinformática Análise de Sequências de Aminoácidos

Universidade Federal de São Paulo
Instituto de Ciência e Tecnologia
Algoritmos em Bioinformática
Profº Cláudio Shida
Daniel Uehara

86769

ATIVIDADE 9: ANÁLISE DA SEQUÊNCIA DE DOIS AMINOÁCIDOS
SEQUÊNCIA 1
Sequência: MASEFKKKLF WRAVVAEFLA MILFIFISIG SALGFHYPIK SNQTTGAVQD
NVKVSLAFGL SIATLAQSVG HISGAHLNPA VTLGLLLSCQ ISVLRAIMYI IAQCVGAIVA
TAILSGITSS LPDNSLGLNA LAPGVNSGQG LGIEIIGTLQ LVLCVLATTD RRRRDLGGSG
PLAIGFSVAL GHLLAIDYTG CGINPARSFG SSVITHNFQD HWIFWVGPFI GAALAVLIYD
FILAPRSSDL TDRVKVWTSG QVEEYDLDAD DINSRVEMKP K
A proteína analisada se refere à Aquaporina-1 é uma proteína originalmente encontrada no Bos taurus (organismo bovino), pertencente à classe das aquaporinas, que são proteínas de canal de água que aumentam a permeabilidade da bicamada lipídica da membrana celular à água e, assim, acabam facilitando o processo de osmose nas células.
Sua principal importância se deve ao fato de que elas possuem um poro seletivo para a água que permite a entrada de 3x109 moléculas de água por segundo, otimizando o processo de difusão (visto que, sem tal auxílio, apenas uma pequena fração dessas moléculas seria capaz de atravessar a membrana em um mesmo período de tempo).

Figura 1: Estrutura da Aquaporina-1 (Figura 5) e de sua parte hidrofóbica (Figura 8).

A Figura 1 mostra a estrutura da Aquaporina-1, sendo basicamente descrita como assimétrica tridimensional com uma superfície plana externa e uma protuberância citoplasmática dominante, sendo que a confomação dos monômeros da proteína acaba

permitindo a formação de poros. Como é possível ver na Figura 1 ainda, o canal é formado, em sua grande maioria, por aminoácidos hidrofóbicos (representados com cor alaranjada), coerente com o fato de que tal poro serve para o transporte de água (visto que a ausência dessa característica tornaria o processo de abosrção muito mais lento pela interação da água com as paredes).

Figura 2: Modelo de Houglass para a estrutura da aquaporina.

As Asn (Aspargina) localizam-se nas estruturas