microRNAs
Nos últimos anos, a análise do transcritoma tem gerado uma ampla gama de informações sobre RNAs relacionados com diferentes mecanismos de regulação gênica, incluindo mecanismos epigenéticos. Tais RNAs não codificam proteínas(non-protein or peptide-coding ou npcRNAs), ou seja não contêm uma fase aberta de leitura traduzível(ORF), embora não seja possível excluir a possibilidade de que alguns deles codifiquem pequenos peptídeos.
Os npcRNAs, também denominados de classe 1, podem ser transcritos pela RNA polimerase I, II ou III e se contrapõe aos RNAs de classe II, tipicamente transcritos pela RNA polimerase II, que são traduzidos pela maquinaria de síntese proteica nos ribossomos. Recentemente dados gerados por sequenciamento em larga escala revelaram que os npcRNA excedem o número de genes codificadores de proteínas, indicando que o genoma humano é transcricionalmente muito mais ativo do que foi previsto anteriormente. Entre os três transcritos gerados pelas três RNA polimerase em eucariotos estão: os RNAs ribossômicos traduzidos bem como o grupo heterogêneo de npcRNAs longos de 300 a milhares de nucleotídeos(muitos dos quais envolvidos em mecanismos epigenéticos, como o Xist), e os npcRNAs pequenos, com 20 a 300 nucleotídeos. Esses últimos incluem microRNAs, RNAs de interferência endógenos, RNAs associados a sequências repetidas e pequenos RNAs citoplasmáticos (como o RNAs transportadores), nucleares e de organelas. Outros transcritos não traduzidos são originados a partir de regiões intrônicas, descartadas durante o mecanismo de splicing de RNAs nucleares hetergêneos, ou são longos de RNA-antisense, transcritos da fita oposta de genes codificadores de proteína. Além dos npcRNAs citados acima, alguns novos tipos têm sido descritos pela literatura. Entre eles, estão os RNAs sintetizados por regiões promotoras(promotor-associated RNAs ou paRNAs), bem como aqueles bem derivados de sequências próximas ou a montante de sítios de início de